消毒和滅菌的概念是不一樣的。消毒（disinfection）是指殺滅或消除傳播媒介上的病原微生物，使其數量減少到不再能引起人發病，即達到無害化處理的目的，如煮沸、巴氏消毒、紫外線照射等。滅菌（sterilization）是指不僅要殺滅和清除傳染性病原微生物，還要殺滅和清除全部微生物（如：細菌芽胞等），包括非致病性微生物，即沒有活菌存在，如：高壓蒸汽滅菌、環氧已烷滅菌等。
高壓蒸汽滅菌器滅菌時間的確定不是一定的，滅菌溫度越低,需要的滅菌時間越長；滅菌溫度越高,需要的滅菌時間越短；壓力蒸汽滅菌的時間，要從滅菌器柜室內達到滅菌要求溫度時算起，直至滅菌完成為止。
高壓蒸汽滅菌器滅菌時間包括這3類：
1.穿透時間，從鍋內達到滅菌溫度開始計算時間，到鍋內Z難達到的部位也達到此溫度的時間;
2.維持時間，即殺滅微生物所需時間，一般以殺滅嗜熱脂肪桿菌芽胞所需時間來表示;
3.安全時間，為使滅菌得到確切保證所需增加的時間。一般為熱死亡時間的一半，其長短視消毒物品而定。對易導熱的金屬器材的滅菌，不需要安全時間。在滅菌時間內，要注意壓力表，及時間調節進氣量，以保持在的壓力，維持到滅菌時間為止。在滅菌過程中，如有壓力、溫度下降，應重新升溫升壓，重新計時。
1)一般下排氣式高壓滅菌器所需時間為：115℃需要30分鐘、121℃需要15分鐘、126℃需要10分鐘
2)115℃常用于制藥工業上的滅菌。在微生物實驗室內，有些含糖培養基亦用115℃30分鐘滅菌，因為在更高溫度下糖會分解。
3)121℃～126℃常用于醫療衛生和防疫工作中的滅菌。
高壓蒸汽滅菌器滅菌時間的概數，1次滅菌中具體使用多少時間，需要根據物品的種類、包裝的大小、安放情況和滅菌器的性能來確定。
不能使用高壓蒸汽滅菌器對任何有破壞性材料和含堿金屬成份的物質進行消毒，否則會導致爆炸、腐蝕內膽和內部管道或破壞墊圈。
1. 爆炸物質：乙二醇二硝酸酯（硝化甘醇），硝化纖維素（硝化纖維素濾器）和所有含硝酸根的酯類。三硝基苯和所有易燃易爆的硝基，過氧乙酸，甲烷基，乙基，甲醇，過氧化氫，過氧化物，苯甲酰，苯甲酰基及有機過氧化物。
2. 可燃性物質：金屬鋰、鉀、鈉、黃磷、磷、硫化物、。明膠、碳化鈣（電石）、氧化鈣（石灰），鎂粉，連二亞硫酸鈉（保險粉）。
3. 氧化劑：氯化鈉，氯化銨和其他氯化物。高氯酸鈉和其他高氯化物（粉劑）。硝酸鉀，硝酸鈉和其他硝酸物。過氧化鉀，過氧化鈉，過氧化鋇和其他無機過氧化物。亞氯酸鈉和其他亞氯化物，次氯酸鈣和其他次氯酸物。
4. 易燃物質：汽油，乙醛（醋醛），氧化丙稀，環氧丙烷，二硫化碳，和其他燃點在-30℃～0℃間的物質。甲醇，乙醇，二甲苯，芐基，乙酸芐酯，和其他燃點在0℃～30℃之間的物質（醇類）。燈油，火油，異戊醇，乙酸（醋酸），和其他燃點在30℃～65℃之間的類似物質。
5. 易燃的氣體：氫氣，乙炔，甲烷、乙烷，丙烷，丁烷等其他易燃的氣體。
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